Sở Nội vụ tỉnh Kon Tum được thành lập, theo tinh thần Quyết định số 248/QĐ-TTg, ngày 20/11/2003 của Thủ tướng Chính phủ về việc đổi tên Ban Tổ chức Chính quyền thuộc UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương. Ngày 22/9/2008 UBND tỉnh Kon Tum có Quyết định số 44/2008/QĐ-UBND, về việc ban hành Quy định về tổ chức và hoạt động của Sở Nội vụ tỉnh Kon Tum thay thế Quyết định 17/2004/QĐ-UB, ngày 14/4/2004. Ngày 09/11/2004 của UBND tỉnh Kon Tum ban hành Quyết định số 1598/QĐ-UB, V/v kiện toàn các Phòng chuyên môn của Sở Nội vụ.

Các cơ quan trực thuộc: Ngày 27/4/2010 Ủy ban nhân dân tỉnh Kon Tum ban hành Quyết định 17/2010/QĐ-UBND, v/v thành lập Ban tôn giáo trực thuộc Sở Nội vụ. Ngày 27/4/2010 UBND tỉnh Kon Tum ban hành Quyết định 18/2010/QĐ-UBND, v/v thành lập Ban Thi đua - Khen thưởng trực thuộc Sở Nội vụ. Ngày 19/01/2012 UBND tỉnh Kon Tum ban hành Quyết định 06/2012/QĐ-UBND, v/v thành lập Chi cục Văn thư - Lưu trữ trực thuộc Sở Nội vụ.

Ngày 16/6/2015, UBND tỉnh ban hành quyết định số 326/QĐ-UBND về việc thành lập các đơn vị thuộc Sở Nội vụ. theo đó, về cơ cấu tổ chức, Sở Nội vụ tỉnh Kon Tum lúc này bao gồm 06 đơn vị thuộc Sở: Văn phòng Sở; phòng Xây dựng chính quyền và Công tác thanh niên; phòng Công chức, viên chức; phòng Tổ chức biên chế và Tổ chức phi chính phủ; phòng Cải cách hành chính; Thanh tra Sở; và 03 cơ quan trực thuộc: Ban Tôn giáo; Ban Thi đua – Khen thưởng; Chi cục Văn thư – Lưu trữ.

Thực hiện Nghị định số 107/2020/NĐ-CP của Chính phủ : Sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 24/2014/NĐ-CP ngày 04 tháng 4 năm 2014 của Chính phủ quy định tổ chức các cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương. Ngày 26/3/2021, Ủy ban nhân dân tỉnh Kon Tum đã ban hành Quyết định số 227/QĐ-UBND về việc tổ chức lại các đơn vị hành chính thuộc, trực thuộc Sở Nội vụ tỉnh Kon Tum, theo đó cơ cấu tổ chức của Sở Nội vụ hiện nay bao gồm 06 đơn vị thuộc Sở: Thanh tra Sở; phòng Hành chính – Tổng hợp; phòng Công chức, viên chức; phòng Xây dựng chính quyền và Tổ chức bộ máy; phòng Quản lý Văn thư – Lưu trữ; phòng Thi đua – Khen thưởng; 01 cơ quan trực thuộc: Ban Tôn giáo.

Sở Nội vụ Kon Tum là cơ quan chuyên môn thuộc UBND tỉnh, giúp UBND tỉnh thực hiện chức năng quản lý nhà nước về nội vụ trên địa bàn tỉnh theo quy định của pháp luật. Sở Nội vụ Kon Tum chịu sự quản lý về tổ chức, biên chế và hoạt động của UBND tỉnh đồng thời chịu sự chỉ đạo hướng dẫn và kiểm tra về chuyên môn, nghiệp vụ của Bộ Nội vụ./